Die Unterwasser- und Feuchtbodenarchäologie befasst sich mit dem Schutz und der Erforschung archäologischer Strukturen und Funde die unter (Grund-)Wasser geraten sind. Erstgenannte Disziplin arbeitet unter Wasser unter Zuhilfenahme speziell ausgebildeter Berufs- und Forschungstaucher*innen aber auch verschiedenen hydroakustischen Methoden; letztgenannte untersucht dagegen archäologische Denkmäler und Reste in feuchten bzw. dauerhaft wassergesättigten Böden wie sie in Mooren oder an den Rändern der großen Niederungsbereiche der Urstromtäler sowie an Ufern von Flüssen und Seen oder bei hohem Grundwasserspiegel anzutreffen sind.

Unter Wasser oder in wassergesättigten Böden erhalten sich unter Luftabschluss nicht nur das normale archäologische Fundspektrum, sondern insbesondere auch organische Materialien wie Holz, Knochen und Geweih, Leder, Fell und Wolle sowie Pflanzenfasern aber auch Pollen- und Früchte, Pilze oder Kleinstlebewesen – Funde, die sich unter anderen Bedingungen größtenteils schon längst zersetzt hätten. Insbesondere in der Kombination mit naturwissenschaftlichen Analysen, beinhalten solche Fundkomplexe ein riesiges Informationspotential: Dieses reicht z.B. von Ernährungs- und Gesundheitsfragen, Umwelt und Vegetationsgeschichte, Rohstoffhandel und Technologietransfer bis hin zu Klimawandel und differenzierten Datierungsmöglichkeiten.

Bei der Unterwasser- und Feuchtbodenarchäologie handelt es sich daher um eine stark interdisziplinär ausgerichtete Forschung. An den Untersuchungen dieser archäologischen Befunde sind zahlreiche Disziplinen beteiligt: neben der eigentlichen Feldarchäologie vor allem die Archäobotanik und Pollenanalyse, die Dendrochronologie (oder Dendroarchäologie), die Archäozoologie, die Bodenkunde/Sedimentologie, um nur einige zu nennen. Bei der Erforschung der Moorleichen sind zudem zahlreiche medizinische und anthropologische Fachdisziplinen beteiligt.

Fundstellen unter Wasser, in Mooren oder Feuchtgebieten haben wegen der guten Erhaltungsbedingungen für organische Objekte eine ganz besondere Faszination, stellen aber auch stets besondere Herausforderungen dar. Zu spezialisierten Ausgrabungstechniken kommen hohe konservatorische Anforderungen und Folgekosten. Die empfindlichen organischen Funde müssen sehr sorgsam freigelegt und bis zu ihrer Konservierung ständig nass gehalten werden, da sie sonst innerhalb kurzer Zeit verfallen. 

Siedlungsarchäologie an der Küste, in Mooren und Binnengewässern
Abhängig von den naturräumlichen Voraussetzungen und kulturellen Prägungen sind in den verschiedenen Regionen Deutschlands, Österreichs und der Schweiz unterschiedliche Denkmale und organische Artefakte vorherrschend.

Die verlandeten Seen und Niedermoore des Nordens sind eine bedeutende Quelle zur Erforschung der späten Jäger- und Sammlergemeinschaften, die hier ihre Lager aufschlugen und zahlreichen Aktivitäten nachgingen.

In Nord- und Ostsee gibt es große, heute überflutete Flachwasserbereiche, die in vergangenen Jahrtausenden jedoch noch zur Landfläche gehörten und von Jägern- und Sammlergemeinschaften aus der Zeit des Mittelpaläolithikums bis hin zum Neolithikum besiedelt waren. Die besonders guten Erhaltungsbedingungen ermöglichen hier auch detaillierte Aussagen zur Landschafts- und Umweltrekonstruktion.
Hinzu kommen im Norden Deutschlands die in den fruchtbaren Küstenmarschen ab der späten Eisenzeit angelegten Wurten, das sind, künstlich angelegte Siedlungshügel. Eine besondere Situation besteht in den Nordfriesischen und ostfriesischen Wattenmeerbereichen, wo die Reste ganzer mittelalterlicher und frühneuzeitlicher Kulturlandschaften einsedimentiert wurden, nachdem sie durch mehrere Sturmfluten zerstört wurden.

Besonders gut erforscht sind die jungsteinzeitlichen und bronzezeitlichen Feuchtbodensiedlungen des Alpenvorlandes, die seit 2011 zum UNESCO Weltkulturerbe gehören (Link www.palafittes.org). Ihre Erhaltung ist oft ausgezeichnet, so dass noch ganze Hausfußböden oder Palisaden mehr oder weniger in situ angetroffen werden können. Unter günstigen Sedimentations- und Erhaltungsbedingungen blieben hier sogenannte „Kulturschichten“ erhalten, in denen sich der Abfall, die Bauruinen und verloren gegangene Objekte gesammelt haben. Im Bereich der Flachwasserzone besonders von großen Seen mit Wellengang, Sturm oder wechselnden Pegeln, sind statt der eigentlichen Siedlungshorizonte meist nur Pfahlfelder erhalten.
Schließlich sind in Flusstälern und Feuchtgebieten errichtete mittelalterliche Niederungs- und Inselburgen sind in weiten Teilen Deutschlands zu finden.

Verkehr und Infrastruktur
Zu den Siedlungsresten im Wasser oder im ufernahen Bereich gehören schließlich auch die Einrichtungen, die mit dem See- und Flussverkehr in Verbindung standen, etwa wie Reste alter Häfen und Länden, Seesperren, Furten oder Brücken. In allen Regionen sind in Mooren und verlandeten oder offenen Gewässern zudem Wasserfahrzeuge, Verkehrsinfrastruktur und fischereitechnische Einrichtungen oder Mühlen zu finden. In dem von großen Hochmooren geprägten Nordwesten Deutschlands dominieren Moorwege, die die Moore überbrückten oder erschlossen. 

Moorleichen und Opferplätze
Kennzeichnende Funde für die Moore des Nordens sind zudem Moorleichen, die mit Haut, Haaren, teilweise inneren Organen und Kleidungsstücken erhalten blieben sowie absichtlich niedergelegte und z.T. geopferte Gegenstände, Kultfiguren und Kultplätze, die von der Steinzeit bis in die römische Kaiserzeit und teilweise bis ins frühe Mittelalter reichen. 

Wracks 
Zu den Verlustgegenständen in der Archäologie gehören als besondere Kategorie die Schiffsfunde. Der Fachbereich, der sich ausschließlich mit der Entwicklung des Schiffbaus beschäftigt wird auch als nautische Archäologie bezeichnet. In der Unterwasserarchäologie haben die Erforschung und der Schutz von Schiffswracks eine große Bedeutung. Die an Bord befindliche Ladung und Ausrüstung, auch persönliche Gegenstände der Besatzung sind zumeist sehr gut erhalten und ermöglichen einen detaillierten Blick in die Vergangenheit - an Bord des Schiffes. Wasserfahrzeuge sind außerdem wichtige Zeugnisse für das Schiffsbauhandwerk und stellen Quellen zu Bautraditionen und -Innovationen, zum Technologietransfer und zu Kontakt- und Transportrouten dar. Schiffs- und Flugzeugwracks der Weltkriege können zudem Kriegsgräber sein und unterliegen daher einem besonderen Schutz. 

Flussauen
Im Bereich der ehemaligen Mäander unterschiedlich großer Flussläufe lassen sich gelegentlich Wasserschutzbauten durch Uferverbaue oder versetzte Schiffswracks finden. Bekannte Beispiele sind hier etwa die Kölner Rheinauen. Im Zuge der Verlagerung ganzer Flussläufe konnten manche Städte an Bedeutung im internationalen Warentransfer verlieren; der Fluss konnte aber auch ganze Ansiedlungen vernichten, oder deren Bewohner zur Umsiedlung zwingen. All dies hinterlässt archäologische Spuren die etwa bei der Kiesgewinnung, oder im Zuge von Hochwasserschutzmaßnahmen oder Renaturierungsmaßnahmen unterschiedlich großer Flussläufe im gesamten Bereich der Bundesrepublik zu Tage treten.